Najpogostejši notranji zajedavci pri psih in mačkah so gliste in trakulje. Razvoj glist poteka pri večini vrst brez vmesnega gostitelja; okužene živali jajčeca v okolje izločajo z iztrebki, ta se v okolju ob primernih pogojih razvijejo do ličink, katere živali zaužijejo z okuženo hrano, vodo ali z lizanjem tal. Večje število odraslih glist lahko v črevesju povzroča slabšo absorbcijo in s tem slabši izkoristek hranilnih snovi, kar se predvsem pri mladičih kaže s slabšim priraščanjem, bruhanjem, mehkejšim blatom (lahko s primesjo krvi, sluzi in odraslih glist) in napetim trebuhom. Najpogostejša glista pri psih, Toxocara canis, se lahko preko posteljice ali preko materinega mleka prenese na plod, kar pomeni, da so mladički okuženi že ob kotitvi ali se s sesanjem okužijo v prvih dneh življenja. Pri mačkah zajeda Toxocara cati, katera se na mačje mladičke prav tako lahko prenese preko materinega mleka.

Za razliko od glist trakulje v svojem razvojnem krogu potrebujejo vmesnega gostitelja. Najbolj razširjenja trakulja pri psih in mačkah, Dipylidium caninum, v tankem črevesju mesojedov zraste od enega milimetra do sedemnajst metrov. Psi in mačke za to trakuljo predstavljajo končnega gostitelja, vmesni gostitelj, ki zajedavce prenese na domače živali, pa so bolhe! Zatiranje bolhavosti hkrati tako predstavlja tudi preventivno zaščito proti trakuljam te vrste. Druga dva roda trakulj, ki se pojavljata pri psih in mačkah sta Taenia in Echinococcus, s katerima se domače živali okužijo z zauživanjem vmesnega gostitelja – (najpogosteje) miši ali z zaužitjem notranjih organov doma zaklanih prašičev (iz tega razloga priporočamo prekuhavanje). Te trakulje so nevarne tudi za človeka, saj lahko pri njem povzročijo razvoj tvorb – cist, ki se najpogosteje pojavijo na jetrih, lahko pa tudi v možganih.

Manjše število trakulj za živali ni nevarno in ne povzroča vidnih kliničnih znakov. Če pa je okužba močna in je zajedavcev zelo veliko, pa lahko povzročijo slabokrvnost, šibkost, drisko, neješčnost in počasno hujšanje – živali kljub apetitu izgubljajo telesno težo. Ob najhujših okužbah lahko trakulje povzročijo tudi živčne motnje, paralizo zadnjih nog in napade podobne epileptičnim. Lastniki odrivke trakulje v velikosti riževega zrna opazijo v blatu ali na dlaki ob zadnjiku, kjer povzročajo srbenje, kar žival pokaže z lizanjem ali z drsanjem po zadnji plati.

Diagnozo notranjih zajedavcev veterinar postavi z anamnezo, kliničnim pregledom živali ter koprološko preiskavo blata. Zdravljenje poteka z različnimi antiparazitiki po navodilih veterinarja. Če je bila vaša žival okužena s katerim koli prej omenjenim zajedavcem, morate biti pozorni na to, da navodila natančno upoštevate, saj to, da zajedavcev ne vidite več v blatu ne pomeni, da vaša žival ni več okužena – to lahko potrdi le koprološka preiskava blata, katera se mora ob hudih okužbah ponoviti večkrat zapored – le tako smo lahko prepričani, da je žival res prosta zajedavca.